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分子系统发生学是应用分子数据重建系统发生关系的学科。《分子系统发生学》全面系统地论述了分子系统发生学的基础、原理、方法及应用。《分子系统发生学》由8章组成，可以归纳为五大部分 部分包括第～3章，分别介绍了系统发生和系统树的基本知识 第二部分包括第4～7章，是分子系统发生分析的基础，其中第4章和第5章是分子系统发生学的信息学基础，第6章是数据集系统发生信号评估，第7章讨论了分子进化模型及模型选择原理与方法 第三部分中的第8～2章是各种系统发生分析方法，分别就目前主要的系统发生分析方法（距离矩阵法、简约法、大似然法、贝叶斯推论法和系统发生网络法等）从原理、软件劋作、应用及局限性等方面进行了详细的介绍，第3章讨论了系统发生假设检验的原理和方法，第4章讨论了系统发生分析可靠性与影响因素 第四部分主要涉及
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