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高中生侦探工藤新一，以小小名侦探江户川柯南的身分向世纪末的棘手案件挑战。由于牵扯到复杂的事件，迫使他寄住在女朋友小兰的家中。而他的身分在毛利侦探事务所里也是一个秘密。发明家阿笠博士是柯南的好帮手，他现在和原本是科学家，目前已经脱离黑衣男子等人组织的灰原哀住在一起。小哀跟柯南一样都因为吃了相同的药物之后产生幼儿现象的。有一天……
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小小名侦探江户川柯南，他的真实身分是高中生名侦探工藤新一。由于牵涉到一起棘手的案件，所以现在即使每天跟女朋友小兰在一起，但还不敢表明自己的身分，只好不耐烦地过着漫长的每一天。小兰的父亲毛利小五郎，原来只是个好色的蹩脚侦探，不过*后却拜柯南之赐，变成知名的[沉睡的小五郎]。某日，阿笠博士跟柯南他们组成的[少年侦探团]一起去采松茸。不料元太竟然走失，于是大家兵分两路去搜索，没想到灰原与光彦却在狩猎区发现了遭枪杀的尸体。变成目击者、被歹徒追杀的这两人，不断地想告诉大家自己遇上的危机，可是……
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以高中生侦探驰名全国的我，却无故变回小孩子模样……而在和一群小鬼玩游戏时，竟有一位小女生下落不明！？想要悠哉悠哉地泡个温泉，谁知又发生了杀人事件！？我好想休息一下啊……毕竟我现在只是个小学生呀……
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侦探工藤新一以小小名侦探柯南的身分，寄住在女朋友小兰家开设的毛利侦探事务所里。有一天，因为收到一封寄给新一的委托信，所以服部平次和柯南一行人来到了有人鱼传说的美国岛。和新一并驾齐驱的平次，不但知道新一的秘密，而且在这次的事件中，他跟女友和叶还有与死神擦肩而过，幸好柯南和平次联手，巧妙地使连续谋杀案还是真相大白了。某日，柯南一行人遇到正在侦查连续殴打事件的暮警部。被害人的共通点就是：皮肤黝黑的时髦女性。这时候，小兰在地下停车场里发现了第四名被害人……
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小兰还在怀疑我的真实身份？所以我计划和灰原演一出戏……虽然对灰原有点不好意思，不过难得恢复原来的身份，也是特别的！而且我有话要趁恢复真实的身份的时候告诉小兰……可是没想到就在这个时候，我意然又……
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